Program działającego od 19 maja 2011 roku Muzeum Sztuki Współczesnej w Krakowie MOCAK obejmuje prezentację międzynarodowej sztuki najnowszej, edukację oraz projekty badawcze i wydawnicze. Dwa najważniejsze cele, które stawia przed sobą Muzeum, to przedstawianie sztuki ostatnich 20 lat w kontekście powojennej awangardy i konceptualizmu oraz wyjaśnianie sensu tworzenia sztuki poprzez wskazywanie jej poznawczo-etycznych wartości i powiązań z codziennością.

Projekty MOCAK-u opracowywane są z myślą o zróżnicowanych grupach odbiorców. Ważnym zadaniem instytucji jest próba zmniejszenia uprzedzeń wobec sztuki najnowszej.

Misją Muzeum Sztuki Współczesnej w Krakowie MOCAK jest  wyjaśnianie sensu sztuki  poprzez wskazywanie jej wartości etyczno-poznawczych i powiązań z codziennością. Działania Muzeum obejmują tworzenie kolekcji, organizację wystaw i projektów artystycznych w siedzibie i poza nią, badania, związane głównie z opracowywaniem zbiorów będących częścią Kolekcji i Archiwum, program edukacyjny oraz wydawniczy. Przedsięwzięcia MOCAK-u tworzone są z myślą o różnych grupach odbiorców. Ważnym zadaniem instytucji jest przekonanie odbiorców do sztuki współczesnej.

Cele Muzeum:

1. Kolekcja i Archiwum: gromadzenie, dokumentowanie, katalogowanie, opracowywanie muzealiów i depozytów, a także ich prezentacje.
2. Kolekcja i Archiwum: wypożyczanie prac oraz udostępnianie informacji o nich w celach naukowych.
3. Organizacja wystaw: prezentacje najciekawszych zjawisk sztuki polskiej na tle światowej; retrospektywne ekspozycje artystów, których prace znajdują się w Kolekcji MOCAK-u.
4. Działalność popularyzatorska i edukacyjna powiązana z programem Muzeum.
5. Działalność wydawnicza związana z: organizowanymi w Muzeum wystawami i projektami (katalogi, czasopismo „MOCAK Forum”). Tłumaczenia istotnych dla historii i teorii sztuki publikacji zagranicznych.
6. Współpraca z instytucjami związanymi ze sztuką współczesną oraz uniwersytetami i uczelniami artystycznymi w Polsce i za granicą.

Cele strategiczne Muzeum to:

1. Skuteczna i zgodna z prawem realizacja programu.
2. Umacnianie wizerunku Muzeum jako ważnej instytucji promującej sztukę współczesną w Polsce i na świecie.
3. Funkcjonowanie sprawnego i efektywnego systemu zarządzania jednostką.
4. Rozwijanie systemów informatycznych wspomagających pracę w jednostce.