Kościół Świętych Apostołów Jakuba i Filipa w Toruniu – dawna fara Nowego Miasta Torunia, położona przy wschodnim narożniku Rynku Nowomiejskiego. 25 lipca 2021 roku kościół został podniesiony do rangi sanktuarium.

Świątynię wzniesiono od roku 1309 do XV stulecia. Wpierw otrzymała prezbiterium, a następnie korpus nawowy z wieżą zachodnią. Jeszcze w XIV wieku farą zaczęły zarządzać cysterki, potem benedyktynki. W latach 1557-1667 fara należała do gminy ewangelickiej, następnie odzyskały go benedyktynki, które do XIX wieku zarządzały świątynią. Odtąd do dnia obecnego kościół parafialny.

Ze względu na charakterystyczną bryłę, bogactwo detalu architektonicznego i wysublimowany układ przestrzenny wnętrza kościół należy do najważniejszych przykładów ceglanej architektury basenu Morza Bałtyckiego. Wewnątrz zachował się bardzo cenny wystrój wnętrza – liczne malowidła ścienne z XIV-XV wieku, XIV-wieczny krucyfiks, tzw. mistyczny, tzw. Czarny Krucyfiks z XV wieku, figura Matki Boskiej z początku XVI wieku, a ponadto późnogotycki obraz – Pasja toruńska. Spośród zabytków nowożytnych wyróżniają się: ołtarz główny, zespół ołtarzy bocznych z cennymi obrazami, manierystyczna chrzcielnica.

Wnętrze kościoła kryje niezwykle cenny zespół zabytków, z których część została tu przeniesiona w XIX w. po zburzeniu przez Prusaków kościoła dominikanów. Najważniejszymi skarbami z epoki gotyku są: XIV-wieczny krucyfiks tzw. mistyczny, pochodzący z nieistniejącego kościoła św. Mikołaja, XIV-wieczne malowidła ścienne pod wieżą i w prezbiterium, figura Marii z Dzieciątkiem z końca XIV w. w nawie głównej oraz symultaniczny gotycki obraz pasyjny z ok. 1480-1490 gotycki obraz tablicowy, przedstawiający 22 sceny z męczeńskiej drogi Chrystusa, ukazane na tle rozbudowanego pejzażu. Szczególnym kultem wśród flisaków cieszył się tzw. czarny krucyfiks z 1 poł. XV w., czczona była też figura Matki Boskiej Różańcowej z ok. 1500. W Muzeum Diecezjalnym w Pelplinie znajduje się m.in. drewniana figura Chrystusa w Ogrojcu z ok. 1400 (z kaplicy dobudowanej przy wieży), obraz Madonny z Dzieciątkiem z około 1440 roku, gotyckie cyborium i 2 krzyże relikwiarzowe.

Z epoki protestanckiej zachował się jeden z najstarszych w Polsce, bogato rzeźbiony i o wysokich walorach artystycznych prospekt organowy z 1611 roku, obraz Sąd Ostateczny z 1603 roku (dzieło warsztatu Antona Möllera z Gdańska) i chrzcielnica. Większość ołtarzy (w tym kilka przeniesionych z rozebranego kościoła dominikanów św. Mikołaja) pochodzi z XVIII w. i prezentuje wysoki poziom toruńskiej snycerki barokowej. Z XVIII w. pochodzi też ozdobny łuk tęczowy u wejścia do prezbiterium (1733 rok), ambona (1770 rok) i szereg obrazów w kaplicach bocznych. Wśród wcześniejszych obrazów szczególnie interesujące jest Ukrzyżowanie, dzieło Bartłomieja Strobla z 1634 roku, przeniesione z dawnego klasztoru sióstr przy kościele Św. Ducha nad Wisłą. W 2006 roku zakończył się kilkuletni remont ołtarza głównego z 1732 roku, z obrazem Św. Jakuba Starszego. Neogotyckie witraże we wschodnich oknach prezbiterium wykonała firma Franz Binsfeld z Trewiru (1913-1914). Epitafium upamiętnia biskupa diecezji łuckiej Adolfa Piotra Szelążka, pochowanego w tym kościele, obsługiwanym wówczas przez księży z jego diecezji.

Według niepotwierdzonej źródłowo tradycji w latach około 1342-1345 powstać miały organy, jedne z pierwszych na Pomorzu. Przypuszczano, że mogły znajdować się na emporze w prezbiterium. Ich twórcą był franciszkanin Paweł Wenchen, późniejszy budowniczy organów w bazylice Świętego Piotra w Rzymie.

Podczas wojny północnej w 1703 roku wojska szwedzkie zrabowały 2 największe dzwony. Jeden z nich, zwany Thornan znajduje się w katedrze w Uppsali i jest obecnie największym średniowiecznym dzwonem w Szwecji.